Слово "нач(и? е?)нается", внутри которого мы в скобках поставили две гласных, одну из которых мы в итоге признаем правильной, а другую - неверной, является формой глагола. Вопрос "что делает?", который можно поставить к данной форме, доказывает это. Гласная, которая пока не избрана, является безударной. Если мы, определив неопределённую форму, найдём инфинитив "нач(и? е?)наться", то увидим, что ударение свою позицию не изменило, а второй слог так безударным и остался.
Следовательно, чтобы выбрать "и" или "е" в словоформе "нач(и? е?)нается", мы должны подобрать проверочное слово. Делать это нужно таким образом, чтобы и ударение упало на нужный слог, и слово было родственное, и родственность проверочного слова мы могли бы доказать этимологически.
Нам кажется, что форма "нач(и? е?)нается", которая по смыслу явно связано с началом, может быть проверена именами существительными "зачин", "почин". Теперь буква "и" слышится отчётливее, она и будет верной.
Такие слова как "начинка, зачинщик, чин" мы не порекомендуем для школы, потому что их историческую связь со словом "начинается" обосновать будет более сложно.
Примеры предложений:
Утро только начинается.
Начинается день с мелкого дождика.