Слово "единожды" - это живейший пример многообразия синонимических рядов в русском языке. Это наречие, которое зафиксировано, допустим, в словаре Ефремовой, даёт ему короткое толкование, близкое к "однократно" или "один раз". Единожды не означает однажды, у данного наречия несколько иной лексический оттенок, который лишён модальности "внезапно" или "неожиданно", но при этом довольно ярко выражена семантика "только один раз". Например, наречие "дважды" таким же образом поясняет, что речь идёт о каком-либо явлении случившемся или могущем произойти только два раза.
В самом слове "единожды" разделять, в общем-то, нечего, это одно слово, корень "един", который в нём присутствует, не может отделиться от остальной части слова.
Но другое дело, когда мы хотим выразить при помощи этого же наречия отсутствие единственности, и мы тогда говорим "не единожды", то есть не один раз. Тот же словарь Ефремовой упоминает о таком сочетании и называет его наречием, которое не изменяется и, следовательно, не изменяет своей орфографии. Пишется раздельно.
Примеры предложений:
Нам не единожды говорили, что ложь к добру не приведёт.
Мама не единожды напоминала Валерке, чтобы он поспешил за молоком.