При написании слова "не(?)состыковка" мы, анализируя его, относим к именам существительным, поскольку к слову подойдёт вопрос "что?". Так как русский язык обладает возможностью активного использования и имени существительного "состыковка" (то есть без участия "не"), то несомненна корректность слитного и раздельного способов написания этого слова с "не" в различных контекстах.
Если в предложении со словом "не(?)состыковка" имеется противопоставление (например, "не состыковка, а полное расхождение") или усиленное отрицание понятия состыковки, согласованности (например, "отнюдь не состыковка"), то применяется раздельное написание.
Если высказывание с существительным "не(?)состыковка" отрицаний и противопоставлений не содержит, а само понятие несостыковки как бы утверждается и может быть заменено на слова "расхождение", "противоречие" и подобные, то выберем слитный способ написания слитно.
В таких устойчивых сочетаниях как, например, "небольшая несостыковка", корректно писать слово слитно.
Примеры предложений:
"В рассказе чувствовалась явная несостыковка событий".
"Произошла не состыковка по случайности, а запланированная встреча".