При написании формы "не(?)дочёты" (от "не(?)дочёт") мы видим, что это множественное число существительного. Опираясь на авторитетные орфографические справочники, мы должны увидеть в имени существительном "не(?)дочёты" какой-либо признак, который свидетельствовал бы о невозможности одного из вариантов написания, чтобы доказать таким образом безальтернативность второго.
Несуществование слов "дочёт" и "дочёты" в активном русском языке говорит о том, что "не-" перед "-дочёт" - это непосредственный и обязательный фрагмент слова, который невозможно из него удалить или как-то отставить на расстояние пробела. А если существительного "дочёты" нет, то понятно, что написание "недочёты" (слитно) никак не может корректироваться в зависимости от синтаксической ситуации или чего бы то ни было ещё.
Писать "не дочёты" (раздельно) нельзя. А семантика недостаточности подтверждает наличие в словоформе "недочёты" приставки "недо-", которую нельзя расщеплять пополам.
Примеры употребления:
Серьёзные недочёты, глядя на недочёты, организационные недочёты, несмотря на недочёты.
"Комиссия увидела только недочёты, а на что-то положительное почему-то и внимания никакого не обратила". Противопоставление не изменило орфографию.