Сложный союз "за то что" состоит, как мы видим, из трёх частей - "за", "то" и "что". Однако, если посмотрим на любое из предложений, в котором есть данный союз, то увидим, что "за" и "то" как бы относятся к одной части синтаксической конструкции, а "что" - к другой (нередко - придаточной). Это будет заметно и по смыслу, и по интонации. Следовательно, и сам союз мы невольно разделяем на две основных части, соответствующих описанным выше.
Есть смысл предположить, что между "за то" и "что", поскольку в этом месте мы выдерживаем в неторопливой устной речи небольшую паузу, находится некий стык, точка присоединения, которая выражается и графически. Используется традиционный знак препинания - запятая. Союз с ней выглядит так: "за то, что". А вот перед "за" и после "что" запятые ставятся лишь тогда, если того потребует вся остальная конструкция предложения.
Примеры употребления:
"Андрюше сделали замечание на уроке за то, что мальчик себя вёл очень плохо".
"Учительница похвалила Наташу за то, что, выходя из класса, девочка выключила свет". Предложение осложнено деепричастным оборотом "выходя из класса", поэтому после "что" поставлена запятая.