Рассматривая словосочетание "не(?)понятная ситуация", мы воспринимаем его морфологически как существительное с определением-прилагательным и синтаксически как фрагмент предложения. Этого бывает недостаточно для того, чтобы чётко установить корректность написания того или иного имени прилагательного с "не", поскольку такой контекст слишком узок.
Таким образом, выбирая нужный орфографический вариант для сочетания "не(?)понятная ситуация", мы вынуждены рассматривать некое синтаксическое целое, позволяющее оценить наличие или отсутствие следующих условий:
Любое абсолютное противопоставление, на одном из семантических флангов которого оказывается в предложении прилагательное "не(?)понятная", будет говорить о раздельном его написании.
Любое отрицание признака понятности, ясности с выраженным усилением также свидетельствует о написании формы "не(?)понятная" в два слова.
Не осложнённый такими моментами контекст с утверждением признака "непонятный" скажет о слитном написании прилагательного "непонятная" в сочетании "непонятная ситуация".
Полные правила правописания прилагательных с частицей "не" можно прочитать тут.
Примеры предложений:
"Вы описываете не понятную ситуацию, а до предела запутанную".
"Это далеко не понятная ситуация, чтобы вмиг прокомментировать её".
"Да, непонятная ситуация образовалась".