Сочетание, называемое наречным выражением, которое выглядит как "в конечном итоге" и является в предложениях, чаще всего, обстоятельством образа действия. Чтобы распознать именно такую синтаксическую роль сочетания "в конечном итоге", необходимо увидеть в нём не модальные, а знаменательные значения "в результате", "в итоге" и возможность поставить в данному сочетанию вопросы "как?" или "когда?". Этого достаточно, чтобы признать сочетание "в конечном итоге" обстоятельством и не ставить запятые.
Однако, в некоторых случаях, хотя и намного менее частых, чем описываемые в первом абзаце, сочетанию "в конечном итоге" автором придаётся в предложении роль конструкции, выражающей значения, близкие к "в конце концов", "если подумать" или "если разобраться". То есть речь о каких-то объективных конечных итогах не идёт, семантика этого сочетания начинается активно смещаться в сторону модальности, а само сочетание "в конечном итоге" становится вводным и выделяется запятыми.
Читайте по теме: Список вводных слов, которые всегда выделяются запятыми, смотрите здесь. Список ложных вводных слов, которые при всем желании не следует выделять запятыми, можно увидеть тут.
Примеры употребления:
"В конечном итоге мы всё-таки выбрались из зарослей и направились к шоссе".
"Мы же, в конечном итоге, пока сидим и не знаем, с чего нам начинать". Автор этого текста, выделяя "в конечном итоге", хочет показать, что сочетание использовано вместо связки, как некий усилитель эмоций, поэтому и стало вводным.