Имя существительное "обер(?)прокурор", являющееся нарицательным и обозначающее соответствующее должностное лицо, состоит из двух частей, границу между которыми мы хорошо воспринимаем даже на слух. Тем не менее, при написании слова "обер(?)прокурор" могут возникнуть сомнения по поводу раздельного либо дефисного написания частей "обер" и "прокурор".
Казалось бы, самостоятельное существование в русском языке имени существительного "прокурор", независимого ни от каких элементов, подобных "обер", должно заставить нас написать две части раздельно. Однако, нам придётся вспомнить и о том, что иноязычная первая часть "обер-", присоединяющаяся к уже известным должностям или званиям, создаёт новое лексическое образование - должность (в нашем случае, например, характерная для Российской империи) становится совершенно другой. Поэтому отделять "обер-" от части "прокурор" нельзя. Нужен дефис: "обер-прокурор".
Примеры употребления:
"Бывшего обер-прокурора Сената знали как человека весьма аристократичного".
"За обер-прокурором Синода кто-то вёл наблюдение".