При написании имени существительного "настроени(е?я?)" мы всегда ориентируемся только на контекст, в котором его нужно использовать. Окончания "-е" и "-я" могут быть правильными, но это не означает, что мы в конце слова "настроени(?)" можем написать во всех случаях ту букву, которую нам захочется.
Если заглянуть в словарь, то существительное среднего рода "настроение" будет написано в гласной "-е" в окончании. Если допустить, что мы пишем словарный диктант, то именно с "-е" и нужно написать слово. Это начальная форма. Тем не менее, существует и грамматическая форма "настроения", условия употребления которой мы покажем в примерах ниже.
Примеры предложений:
"К концу дня настроение у Наташи неожиданно упало". (имен. падеж, единств. числа, это и есть начальная, то есть словарная форма)
"Настроения в коллективе были такими, что не позволяли принимать единогласные решения". (имен. падеж, множеств. числа)
"У Николая не было настроения смотреть художественный фильм". (родит. падеж, единств. числа)
"Иван Ильич смотрел на настроения среди своих подопечных и нисколько не удивлялся происходящему". (винит. падеж, множеств. числа)