Некий платёжный документ, называемый "счёт-фактурой", обозначается в языке непростым словом, имеющим при написании ряд особенностей.
Во-первых, данное имя существительное является сложным, то есть составленным из двух частей - "счёт" и "фактура". Будем ли мы склонять обе этих части или только вторую, обоснуем ниже.
Во-вторых, существительное "счёт-фактура" относится к мужскому роду - "счёт-фактура пришёл", счёт-фактура написан". Поскольку первый компонент "счёт" является грамматически главным, он не может не изменяться по падежам, потому что принадлежность к мужскому роду нужно оправдать на письме в любой из форм.
И, в-третьих, при склонении слова "счёт-фактура" во множественном числе обе части существительного становятся парадигматически самостоятельными, то есть каждая из частей склоняется как отдельное слово. Правильный ответ на вопрос мы найдём в примерах предложений ниже, а начальная форма выглядит как "счета-фактуры":
Счета-фактуры уже оформлены.
Счетов-фактур у нас нет.
К счетам-фактурам приложено дополнение.
Посмотрите на счета-фактуры.
Счетами-фактурами был завален весь стол.
О счетах-фактурах никто не упомянул.