При написании устойчивого сочетания "по сути" (как его вариант - "по сути дела") пунктуация, в частности - запятые, будет всегда зависеть только от того, в каком семантическом контексте мы данное словосочетание собираемся употреблять.
Если любое сочетание, являющееся эквивалентом выражения "по сути" и не вступившим в какие-либо грамматические связи с каким-то конкретным членом высказывания, выступает в значении "в сущности говоря, в сущности", то оно, выражая обобщённое отношение к высказанному говорящего, является вводным (Тут можно посмотреть полный список вводных слов в русском языке). Это могут быть выражения "по сути говоря", "в сущности", "по сути дела", "по сути сказать" и так далее. Выделяются двумя запятыми.
Когда позиция выражения "по сути" в предложении соответствует началу выделяемого оборота, то запятая перед "по сути" нужна, а после "по сути" - нет. Если "по сути" находится в концовке обособленного оборота, то перед выражением запятой нет.
Если сочетание "по сути" является обычной предложно-падежной формой, в которой существительное "суть" не теряет полноты лексики и грамматически связывается с другими членами, то выделять "по сути" не нужно.
Читайте по теме: Список ложных вводных слов, которые при всем желании не следует выделять запятыми, можно увидеть тут.
Примеры употребления:
"Наташа, по сути, совсем дитя ещё".
"Доклад Петра не содержал ни одного слова по сути вопроса".