Департамент употребляется в составе официального названия с большой буквы: Департамент судебных экспертиз, Департамент Москвы и области.
В остальных случаях рекомендуется строчное написание: директор департамента, отдел кадров департамента.
В официальном деловом стиле, в документах департамент можно написать с заглавной буквы в определенном контексте (далее Департамент).
Если департамент начинает высказывание, тоже пишется с большой буквы: Департамент информации основан в 2000 году на базе Управления СМИ.