Официальные названия обычно пишутся с большой буквы: Прокуратура Минска. Если слово в составе словосочетания, имени собственного, оно пишется с маленькой буквы: Московская прокуратура.
В предложении при одиночном употреблении прокуратура будет в строчном варианте, если только ею не начинается высказывание: Местная прокуратура начала проверку. Прокуратура Одесской области переехала в другой корпус. Бывшая прокуратура Ленинского района располагается в здании горсовета.