В словосочетание «рукописи не расшифрованы» второе слово правильно писать всегда раздельно с отрицательной частицей «не».
Слово «расшифрованы» является краткой формой причастия, которое образуется от слова «расшифровать». По правилам русского языка краткие причастия всегда пишут с «не» раздельно (например, не откорректировано, не расписано и т.п.), а полные могут слитно и раздельно (например, не прочитанная и непрочитанная, не сделанная и несделанная и т.п.).
Примеры предложений.
Напиши в письме, что рукописи не расшифрованы, но мы это исправим в ближайший месяц.