Слово «не столько» правильно всегда писать отдельно с отрицательной частицей «не».
В зависимости от контекста предложения слово «столько» может выполнять роль наречия, числительного или союзным словом. При этом не важно какой частью речи оно будет, так как для него всегда будет «не» частицей, которую нужно писать только раздельно, а слитно будет грубой ошибкой.
Примеры предложений.
Я взял не столько денег как ты подумал.
Твое решение не столько меня шокировало, а наоборот удивило.