Русский языка допускает писать слово «доплатили» слитно и раздельно с отрицательной частицей «не». Следовательно, при его написании важно понимать в каком контексте оно используется.
В одно слово «недоплатили» пишут тогда, когда обозначают неполноту действий.
Примеры предложений.
Борис недоплатил подрядчику тысячу рублей, так как они сорвали все оговоренные сроки.
Когда пишут слово «не доплатили» раздельно, то обозначают что действие не выполнено до конца.
Примеры предложений.
Я согласен не доплатить сто рублей, но при этом получить не все предложенные услуги.
Здесь можно дополнительно прочитать правила правописания глаголов с "недо".