Если вспомнить правила русского языка, то станет понятно, что с заглавной буквы мы пишем только наименования компаний, да и то, только начальное слово. Наименования же структурных подразделений, таких как отделов, департаментов и т.п. мы всегда пишем только с маленькой буквы.
Исключения составляют собственные имена, которые входят в наименования организаций. Приведём примеры: «Московский государственный технический университет им. Н.Э. Баумана, факультет социальных и гуманитарных наук», «как сообщил начальник отдела продаж организации ООО «Ромашка» ...»